MolDynGrid Production Computations

Розрахунок треєкторій молекулярної динаміки за допомогою ресурсів високопродуктивних HPC та HTC систем, грід та хмарних інфраструктур в віртуальній лабораторії MolDynGrid автоматизовано за допомогою застосунку MolDynSub CLI, що є потужним інструментом для виконання наукових досліджень.

Зареєстровані учасники віртуальної лабораторії, яким присвоєно роль Production, мають змогу скористатися утилітою для постановки довготривалих розрхунків та проведення аналізу:

• з використанням термінального доступу до кластеру ІМБіГ НАН України (за наявності локального аккаунту)
• використовуючи Production Webshell віртуальної лабораторії за посиланням нижче

Для початкового рівня знайомства з інфраструктрурою лабораторії:

• ознайомтесь з розахунком за допомогою майстра постановки завдання розразунку молекулярної динаміки в Gromacs на ресурсах УНГ
• пройдіть навчальні курси в рамках Навчального блоку лабораторії

Для роботи з Production WebShell віртуальної лабораторії:

1. Для забезпечення авторизації в інфраструктурі сервісів MolDynGrid (зокрема до порталу, бази даних та сховища) ВЛ MolDynGrid використовує персональні сертифікати користувачів грід навіть для доступу до хмарних та HPC/HTC платформ.
2. Переконайтесь, що ваш персональний сертифікат користувача, що видано одним з довірених центрів сертифікації IGTF (для України UGRID CA) в грід імпортовано в браузер.
3. Переконайтесь, що вам надоно роль Production в віртуальній організації moldyngrid
4. Завантажте проксі-сертифікат делегації прав доступу на MyProxy-сервіс (рекомендований для використання сервіс, що підтримує роботу ВЛ MolDynGrid: px.grid.org.ua)
   • за допомогою командгого рядку Linux: arcproxy -L px.grid.org.ua -M PUT -U yourusername
   • за допомогою модифікованої утиліти MyProxyUpload, що працює в тому числі під Windows (оригінаьна версія від ngs.ac.uk)
   • за допомогою інших утиліт, що можна знайти на сайті проекту MyProxy.

Вхід до MolDynGrid Production WebShell

• Перейдіть за посиланням для авторизації та переходу до веб-терміналу:
• 

If you have any questions about working with MolDynGrid - please contact support (at) moldyngrid.org